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Jupyer環境をWSL上に構築する 2020

本アーティクルのオリジナルはhttps://technow.grayrecord.com/2020/04/19/jupyter-environment-on-wsl/になります。

前提条件

項目内容
使用ディストリビューションUbuntu 18.04 LTS
Python 環境Anaconda

AnacondaでJupyter環境を構築する

Python環境の構築はデータサイエンティストを目指す人のpython環境構築 2016を参考にして、一部のステップをアップデートしています。

環境構築方法

  1. pyenvのインストール
    git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv
echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
  2. anacondaのインストール
    pyenv install -l | grep ana
# 最新版を確認する
pyenv install anaconda3-yyyy.MM
# 先のステップで確認した最新版にする
pyenv rehash
pyenv global anaconda3-yyyy.MM
conda update conda
conda init bash
# PowerShellの場合、powershellに変える
source ~/.bashrc
  3. Windows Terminal Previewのインストール

MicrosoftストアからWindows Terminalをインストールする。

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分析環境をWindows上に構築する 2020

本アーティクルはhttps://technow.grayrecord.com/2020/04/19/jupyter-environment-on-windows/からになります。

環境の選択

環境構築については、Windowsに限定しても、いくつかの選択肢があります。

Pythonについては、CPythonを標準の配布物から、Anaconda、Microsoft Storeなど
複数の入手経路があります、この文章ではいくつかの理由から、Anacondaを使用しています。
現在は、AnacondaをAnacondaのサイト上から入手していますが、
Anacondaはscoopのextraバケットにもあります。

scoopのインストール

  1. スタートからPowerShellを起動する
  2. PowerShellの設定変更
    Set-ExecutionPolicy RemoteSigned -scope CurrentUser
  3. PowerShellからのScoopのインストール
    iex (new-object net.webclient).downloadstring('https://get.scoop.sh')

gitのインストール

scoop install git

Anacondaのインストール

Anaconda Individual Editionから最新版をインストールする。

Windows Terminalのインストール

MicrosoftストアからWindows Terminalをインストールする。

Visual Studio Codeのインストール

公式サイトから最新版をダウンロードしてインストールする。

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SingularityのWSL2への構築

本記事はQiitaに投稿した記事になります。

SingularityコンテナをWSL2上に構築しました。構築環境はSingularityの公式サイトの記述に基づき、Ubuntu 22.04上とします。 参考となるドキュメントは https://docs.sylabs.io/guides/latest/admin-guide/installation.html#installation-on-windows-or-mac に存在します。このドキュメントに従えば、Singularity 4.0.0がインストールされます。

手順としては以下の通りになります。

wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v4.0.0/singularity-ce_4.0.0-jammy_amd64.deb
sudo apt install ./singularity-ce_4.0.0-jammy_amd64.deb

まず、Singularity 4.0.0のUbuntu 22.04用のdebファイルを取得します。しかる後に、debファイルをaptコマンドでインストールします。当方で実行したときにはいくつか気になるメッセージが出力されていましたがインストール自体は行われているようです。以下のメッセージの表示理由等は未解明です。

N: Download is performed unsandboxed as root as file ‘/home/gorn/singularity-ce_4.0.0-jammy_amd64.deb’ couldn’t be accessed by user ‘_apt’. – pkgAcquire::Run (13: Permission denied)

さて、Singularityがインストールできたので確認してみます。

以下のファイルをex001.defとして作成します。

Bootstrap: docker
From: ubuntu:22.04

%post
    apt-get -y update
    apt-get -y upgrade

%runscript
    echo "Hello, Ubuntu"

以下のコマンドでビルドします。

singularity build ubuntu.sif ex001.def

Ubuntu 22.04のイメージとなります。

Shellでコンテナの中に入ってみます。

singularity shell ubuntu.sif
とりあえず、動きは確認できました。